Sejarah penanggulangan bahaya Narkotika dan kelembagaannya di Indonesia dimulai tahun 1971 pada saat dikeluarkannya Instruksi Presiden Republik Indonesia (Inpres) Nomor 6 Tahun 1971  kepada Kepala Badan Koordinasi Intelligen Nasional (BAKIN) untuk menanggulangi 6 (enam) permasalahan nasional yang menonjol, yaitu pemberantasan uang palsu, penanggulangan penyalahgunaan narkoba, penanggulangan penyelundupan, penanggulangan kenakalan remaja, penanggulangan subversi, pengawasan orang asing.

Dengan berdasar pada peraturan presiden republik Indonesia nomor 83 tahun 2007 tentang Badan Narkotika Nasional, Badan Narkotika Provinsi dan Badan Narkotika Kabupaten/Kota maka Bupati Kolaka pada tahun 2019 Membentuk Badan Narkotika Kabupaten (BNK) Kolaka yang merupakan lembaga non-struktural yang berkedudukan dibawah dan bertanggung jawab langsung kepada  Bupati.

BNK Kolaka mempunyai tugas membantu Bupati dalam:

1. mengoordinasikan perangkat daerah dan instansi pemerintah di Kabupaten/Kota, dalam mengimplementasikan kebijakan dan pelaksanaan operasional di bidang P4GN; dan

2. membentuk satuan tugas sesuai kebijakan operasional BNN yang terdiri atas Unsur perangkat daerah dan instansi pemerintah di Kabupateh/Kota sesuai dengan tugas, fungsi dan kewenangannya masing-masing.

Dalam melaksanakan tugasnya, BNK Kolaka menyelenggarakan fungsi:

1. pengoordinasian perangkat daerah dan instansi pemerintah di Kabupaten/Kota, dalam penyiapan dan penyusunan kebijakan pelaksanaan operasional di bidang P4GN;

2. pengoperasian satuan tugas yang terdiri atas unsur perangkat daerah dan instansi pemerintah di Kabupaten/Kota di bidang P4GN sesuai dengan bidang tugas, fungsi dan kewenangan masing-masing;

3. pelaksanaan pemutusan jaringan peredaran gelap narkotika, psikotropika, prekusor dan bahan adiktif lainnya melalui satuan tugas di lingkungan Kabupaten/Kota sesuai dengan kebijakan operasional BNN; dan

4. pembangunan dan pengembangan sistem informasi sesuai dengan kebijakan operasional BNN.

Susunan Organisasi BNK Kolaka terdiri atas Ketua BNK yang secara ex office di jabat oleh Wakil Bupati Kolaka dengan anggota Pimpinan perangkat daerah Kabupaten dan Sekretaris yaitu Kepala Pelaksana Harian (Kalakhar)

Atas dukungan penuh dari Pemerintah Daerah Kabupaten Kolaka untuk vertikalisasi, BNK Kolaka mendapatkan hibah tanah untuk pembangunan gedung kantor di jalan pendidikan kel. Balandete kec. Kolaka.

Tahun 2010, BNK Kolaka terpilih untuk menjadi instansi vertikal ditandai dengan pembangunan gedung kantor Badan Narkotika Nasional Kabupaten Kolaka pada tahun 2011 dan rampung pada tahun 2012.

Sejak tahun 2012 Badan Narkotika Kabupaten (BNK) Kolaka beralih status menjadi lembaga vertikal dengan nama Badan Narkotika Nasional Kabupaten Kolaka (BNN Kabupaten Kolaka) yang dipimpin oleh seorang Kepala, Kasubbag TU dan tiga orang Kepala Seksi.